破的最后，初号机引发了第3次冲击，就在冲击开始的时候，一把朗枪飞了下来，初号机沉默，冲击终止……在众人惊异的目光中，由薰驾驶的6号机从天而降……然后，老碇接到SEELE的通知：为了保护人类，防止第3次冲击（其实是因为和剧本不符），SEELE从月球派来6号机沉默初号机，并要求将初号机封存，迫于压力，老碇将钉着朗枪的初号机封存，不过暗中取出了插入拴由于0号机被吞，初号机被封，2号机也差不多费废了，SEELE将6号机驻扎在NERV总部，同时派来8号机加强NERV的守备加持预感自己死期将至，将胶囊交给美里，后被杀……打开插入拴，丽的灵魂被放出，进入新的躯体——3代丽诞生，而真治失去形体变成LCL，不得已只好重新封好进行复原……薰在不久后驾驶6号机潜入最终教条，8号机接受命令去拦截，在战斗中暴走……丽侵入最终教条，但什么也没有做……最终薰被8号机掐暴……Ｑ完……
