首先是农贸市场食品安全监管体系并未真正理顺。地方政府作为食品安全第一责任人的责任意识还没有完全建立起来，发生食品安全事故后地方政府不承担责任。一些地方政府不能很好地承担监管责任，不承担保土责任。对本行政区域内涉及多个环节的区域性食品安全问题不及时组织协调处理，不开展专项整治。一些地方政府不重视食品安全。
其次是执法权责脱节，重复执法在一定程度上仍然存在。食品监管是一个复杂的系统，甚至一个部门监管也有重叠。例如保健食品在药店、超市、餐饮单位销售，因此保健食品的监管可能跨越药品流通、食品流通、餐饮服务等环节。如果权责划分不明确，食品药品监管系统内的部门之间将长期存在多重执法。
再者是应通过法定检测程序识别有毒有害食品。食品是否有毒有害及毒性程度的确定，应当通过检测食品中所含或添加的影响人体健康的生物、化学、物理因素和状态来确定。健康影响。市场监管部门在执法过程中，认为某种食品的毒性存在疑问，应当通过合法的检测程序确定其性质，不能根据食品安全标准推定该食品也是有毒食品。其原料或加工产品的毒性。
要知道的是执法人员年龄与监管手段不匹配。执法人员特别是基层监管人员普遍老龄化，无法满足当前执法过程的视听记录、计算机操作记录等基础工作需要，难以适应“大市场”背景下新型监管模式的需要。执法人员保障与监管需求不匹配。很多市场监管所，尤其是划归乡、镇（街道）管理的市场监管所标准化建设推进缓慢，无法满足监管执法需要，严重制约监管效能的提升。
