土地管理费与土地使用税存在本质区别，前者为已取消的行政服务成本补偿费用，后者为现行的土地资源使用经济调节税费。具体区别如下：
1. 费用性质与法律依据土地使用税是法定税费，依据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》征收，针对使用城镇土地的单位和个人，按实际占用面积计征，体现国家对土地资源使用的经济调节职能。土地管理费原为行政事业性费用，由土地管理部门在征地、出让、日常管理等环节收取，用于覆盖组织协调、勘测定界等服务成本，但根据国家政策调整，该费用已取消，不再单独征收。
2. 费用构成与计算方式土地使用税采用定额税率，按年计算、分期缴纳，税额根据城市规模及地区类型分为不同档次，每平方米年税额从0.6元至30元不等。土地管理费历史上按征地费用总额或土地出让成交价款的一定比例收取，比例由地方政府规定（如1%-4%），但因其已取消，相关计算方式不再适用。
3. 费用目的与政策导向土地使用税通过经济杠杆促进土地合理利用，增加财政收入，同时引导企业优化土地资源配置，避免闲置浪费。土地管理费原旨在补偿土地管理部门的服务成本，但为减轻企业负担，国家已取消该费用，相关职能通过财政预算或纳入其他收费项目（如土地出让金）实现，政策导向从“成本补偿”转向“减负增效”。
4. 征收主体土地使用税由国家税务部门统一征收，具有强制性和规范性。土地管理费原由地方政府征收，但因其已取消，相关征收行为已终止，原职能由财政预算或其他项目承接。
综上，土地使用税是现行有效的经济调节手段，而土地管理费已退出历史舞台，两者在性质、目的、计算方式及征收主体上均存在显著差异。
