《变形金刚4：绝迹重生》的剧情讲述了芝加哥大战后地球人对变形金刚失去信任，人类组建墓风部队猎杀变形金刚，而新危机随着人造金刚和惊破天的出现再度降临的故事。具体如下：
芝加哥大战后的信任崩塌：在惨烈的芝加哥大战中，汽车人成功击退了霸天虎的入侵，但这场战斗造成了巨大的破坏和人员伤亡，导致地球人对变形金刚的态度发生根本性转变。人类不再将汽车人视为盟友，而是认为他们与霸天虎一样危险，甚至可能威胁到地球的生存。
墓风部队的无差别猎杀：为了彻底消除变形金刚的威胁，美国中情局组建了一支名为“墓风部队”的秘密组织。这支部队的任务是对所有变形金刚进行无差别猎杀，无论是汽车人还是霸天虎，只要被发现就会被消灭。这一行动导致汽车人和霸天虎在地球上几乎销声匿迹，双方都转入地下活动。
凯德·伊格与擎天柱的相遇：故事的主线之一围绕居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格展开。凯德在一次偶然的机会中购买了一辆破旧的卡车车头，这辆看似普通的卡车实际上是处于休眠状态的汽车人首领擎天柱。擎天柱因受伤严重而进入休眠状态，被凯德带回家后逐渐恢复意识。凯德和他的家人因此卷入了变形金刚的纷争中。
人类科学家的野心与人造金刚：与此同时，一些疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中研究出了他们变形的秘密，并试图利用这一技术制造出人造金刚。他们的目标是创造出比自然进化的变形金刚更强大、更可控的战士。这一计划得到了某些人类势力的支持，他们认为人造金刚可以完全取代汽车人和霸天虎，成为人类的新工具。
惊破天的诞生与新危机：在人造金刚计划中，最危险的作品是脱胎自威震天的惊破天。威震天在芝加哥大战中虽然被击败，但他的意识被人类科学家保存下来，并植入到一个新的变形金刚身体中，从而诞生了惊破天。惊破天不仅继承了威震天的邪恶和野心，还拥有人造金刚的强大能力。他的出现标志着新一轮危机的到来，地球再次面临被毁灭的威胁。
汽车人与人类的联合对抗：面对惊破天和人造金刚的威胁，擎天柱决定重新集结汽车人，并与凯德一家以及其他人类盟友合作，共同对抗这一新的敌人。他们不仅要阻止惊破天的阴谋，还要揭露人类中那些试图利用变形金刚技术达到自己目的的势力。最终，汽车人和人类联手击败了惊破天，阻止了人造金刚的泛滥，地球再次避免了毁灭的命运。
