医学起源是多种因素综合参与、不断发展的结果，包括本能、实践、圣人创造、思维与巫术等因素的共同作用，具体如下：
本能与医学
动物本能与自疗行为：西方一些著名医学史家以及中国千年前学者都认为医学源于动物本能。动物在生活中具有克服痛苦、保护生命的本能，会产生某些自疗行为，如虎中药箭食清泥、野猪中药箭逐荠苨而食等。人和动物一样有求生和保护生命的本能，遇到疾病和意外创伤会探求解除痛苦、恢复健康的方法。
从本能到医学的转变：原始人类与动物有本质差别，原始人类在原始思维指导下，能观察、思索，积累原始经验，从偶然事物中发现联系。从无意识的动物本能过渡到有意识的人类原始医疗经验积累，才有真正的医学起源，医学源于本能又高出本能，不把本能医疗保护行为转化为自觉经验积累便不会有医学产生。
实践与医学
劳动创造医学的观点：本世纪五十年代以来，中国医史学界提出“劳动创造医学”的论点。劳动在人类起源和发展中作用巨大，人们通过劳动获得砭石、骨针等治疗工具，认识药用植物、动物和矿物性能，获得更多医疗经验，在某种意义上劳动创造了医学。
对医源于劳动观点的辩证看待：强调医源于劳动不应绝对化，不应把劳动局限为生产劳动，更不应忽视其他因素在医学起源和发展过程中的作用。
医源于圣人的创造
医源于圣说法的夸大性：医源于圣的说法在中国历史上流传广泛，如燧人钻木取火、伏羲画八卦阐明百病之理、神农尝百草、黄帝作《内经》阐发医理等。但把原始人类长期经验积累形成的医学知识归结为少数几个全能圣人的创造，甚至夸大为医源于神，不符合历史事实。
医源于圣说法的合理内核：剥去传说神话外衣，这些传说有丰富历史内涵。古代传说中圣人创造医学的故事，反映上古不同氏族集团群体和疾病斗争实践中对医药经验的积累和贡献，神农、黄帝等是氏族群体代名词，表示医学发展有不同阶段。医源于圣也肯定医药领域杰出人物在医学发展中的作用，一些留心医药、有创造才能的人善于总结经验，探寻更有效药物和更好治疗措施，推动医药发展。
思维、巫术与医学
思维对医学发展的必要性：零散医疗活动和片断医药卫生知识不能构成系统医学体系，形成完整医学必须发挥思维，进行理论探索，思维活动逐渐成熟是医学发展成为系统知识的必要条件。
原始思维与巫术的产生：原始思维对自然力量不了解和恐惧，认为存在支配世界的超自然力量，导致神秘感，进而发展为对自然物、生殖、图腾、祖先、鬼神的崇拜，形成巫术和原始宗教。巫术巩固后有一定组织形式和仪式，出现专职人员，巫师成为代表有知识和思维能力的阶层。
巫医关系及对医源于巫观点的否定：巫师出现后往往承担治病职能，有时施行巫术，有时用医药技术，有的巫师更偏重于医。但不能因巫医联系就断定医学起源于巫，巫本质上是原始宗教、神学，与作为科学的医学尖锐冲突，医学越发展，医与巫斗争越尖锐，巫术成为医学发展桎梏。公元前五世纪中国医学家提出“信巫不信医”作为六不治的一种，《黄帝内经·素问》中说“拘于鬼神者不可与言至德”，都是医学摆脱巫术、确立自身价值的标志。
