《促醒者》讲述了第九医院神经内科主任丁学坤意外身亡后，其子丁远志与儿徒韩西林回到九院共同调查死因真相，同时展现医护工作者精神风貌及中西医结合创新诊疗的故事。以下是分集剧情介绍：
第2集：深夜病房，谭母用中药给女儿谭淼淼擦拭身体，反思自己过度控制致母女关系破裂，次日决定终止促醒提前手术。林雅婕稳住谭母召开紧急内科会议，王恒之拿来丁学坤旧书，韩西林发现打包随便怀疑有人动手脚但未声张。会议中韩西林坚决不同意终止促醒，遭戴繁荣和马主任反对，僵持时丁远志竟同意继续促醒。消息泄露后媒体兴风作浪，谭母也因过度疲劳焦虑晕倒。
第3集：司徒院长将丁学坤生前的抑郁症治疗记录交给韩西林。走廊上韩西林与丁远志偶遇，各怀心事。夜晚韩西林翻看记录未发现可疑之处。王恒志欲前往司徒院长办公室提议将韩西林留在九院，建立中西医结合小组并改良化瘤丹，遭林雅婕劝阻，她提议让韩西林尽快离开。韩西林带领医生查房，注意患者微小病征，多次提供诊治突破口。开会讨论小患者高远山病情，韩西林和丁远志怀疑其患罕见神经系统遗传病，需腰穿检查诊断。
第4集：陆之舟为满足儿子愿望找潘小艾帮忙，潘小艾想到韩西林。韩西林偷偷给高远山做眼内针，暂时恢复其一半视力，但违规私下治疗被丁远志发现。丁远志愤怒要求患者出院，让潘小艾退出精准小组，韩西林挺身而出表示治疗与潘小艾无关，两人因两年前女护士的死再次争执，被林雅婕和王恒之制止。王恒之决定严肃处理韩西林和潘小艾，此时高远山生父来到医院同意基因检测。众人开会讨论检测报告结果，在治疗方案上韩西林和丁远志再次争执，对高远山治疗方案仍一筹莫展。
第35集：韩西林表示卢宁在查尔图见过他，得知当时王恒之带去查尔图的患者都患脑胶质瘤，王恒之利用韩西林去查尔图的消息将林雅婕骗到老中医楼，潜入其办公室找相册，却发现相册藏在保险箱内，还逼迫沈先知出院，一切都是为了“化瘤丹”秘方。韩西林让王恒之自首，此时九院众人出现在老中医楼，原来这是众人演戏让王恒之露出马脚。谷麦子三天前已落网，假扮谷麦子与王恒之联系的是丁远志。司徒院长质问王恒之，王恒之称一直把九院当家却遭看不起，最终伏法自首。
第36集：夜晚，司徒院长找到韩阔海，询问其为何突然不同意“化瘤丹”上市，韩阔海表示该放手，司徒院长坚持要让“化瘤丹”上市。司徒院长接到李翘电话，得知林雅婕要出院，急忙回院，此时林雅婕已忘记所有，只记得刚到九院的往事，司徒院长伤心不已。次日，韩西林与丁远志到看守所看望王恒之，王恒之表示不怪罪韩西林。司徒院长在二人劝导下，无限期延长“化瘤丹”上市时间。查明真相的丁远志与韩西林站在丁学坤墓前起誓，秉承遗志完成化瘤丹改良，将中西医结合进行到底。
