《武当2》剧情围绕武当派面临的诸多危机与挑战展开，展现了江湖中的恩怨情仇与侠义精神。
故事开篇，张三丰凭借太极十三势名震江湖，引得武林群雄纷纷云集武当。此时，沐驸马趁乱骗走了前朝成吉思汗赐予武当的薛禅金刀，原因是相传金刀中秘藏有藏宝图，这一事件为武当带来了潜在的危机。同时，西域女子十二乐坊行为嚣张、欺人太甚，已然云游的三丰不得不再度出手，凭借高强的武艺力挫来敌，成功保住了武当的颜面。
在河南少林寺，张无极和韩义山两位少年投考见习武僧落选，却被草蜢等高僧看中。高僧们安排他们上武当山混入全真教，目的是查探张三丰武当武术的不败之谜。在武当的数年时间里，张无极深受武当侠义之风的熏陶，对武当派产生了仰慕之情；而韩义山却心怀不轨，凭借此事向草蜢进谗言，使得张无极陷入了仁义两难的艰难境地。
后来，永乐皇帝下旨武当，催要薛禅金刀与镇山之宝太阴真经，这一旨意引发了邪派高手杀破天、杀破狼父子以及武林九大门派的觊觎，他们纷纷前来争夺。在各大门派面前，韩义山背信弃义，暴露了张无极少林卧底的身份，这给张无极带来了奇祸，他不仅尽失武功，还沦为了乞丐；而韩义山则趁机窃取了郡主的芳心。
在这危难时刻，武当派又遭遇了更沉重的打击，张三丰遭奸人下毒导致瘫痪，新任掌门碧云被人迫死，虚云大师也遭人暗杀。一时间，巍巍武当山陷入了江湖的血雨腥风之中，面临着前所未有的巨大危机。
