萌学园第二季的剧情主要围绕夸克族与暗黑族的对立展开，以下是具体介绍：
续接善恶较量：剧情紧接第一季，继续描绘夸克族与暗黑族之间的善恶较量，萌骑士们集结力量守护结界，对抗邪恶势力。
萌骑士团守护使命：第一季的萌骑士团成员如五熊、寒、曾子余、博焱、利昂霖和林奕勋等继续他们的守护使命，共同面对新的挑战。
魔法预言书的秘密：魔法预言书中隐藏着关于萌学园的重大秘密，这一秘密的揭露将推动剧情的发展。
情感线展开：奈亚公主和忧伤艾瑞克之间的情感线逐步展开，萌动的纯纯情愫为剧情增添了浪漫色彩。
新角色加入：新角色坚尼意外闯入萌学园，他的到来给萌骑士团带来了新的冲击和挑战，同时也为剧情增添了新的看点。
阵容强化：第二季的演员阵容更为强大，张善为、草莓姊姊和人气偶像阿本的加入，为这场光荣圣战增添了新的战斗力，提升了剧情的观赏性。
演员默契与情感交流：随着第二季的拍摄深入，演员间的默契与情感交流愈发深厚，这种默契和深厚的情感基础为萌学园的奇幻旅程增添了更多的真实感和感染力。
