会计准则中专项应付款的账务处理主要包括核算内容、明细核算、账务处理步骤及期末余额处理，具体如下：
一、核算内容专项应付款用于核算企业取得政府作为所有者投入的具有专项或特定用途的款项，如科研拨款、基建拨款等。同时，也核算企业专项资金对外发生的应付和暂收款项，例如购入专项物资的应付货款、应付承包单位的工程价款、应付运输费、应付罚金，以及各种暂收的专用款项等。需注意，企业内部专项资金与流动资金相互垫支产生的应付款项，应通过“银行存款”和“专项存款”账户划转，不纳入专项应付款核算范围。
二、明细核算要求企业应按资本性投资项目进行明细核算，在“专项应付款”总账科目下，按拨款单位或个人设置明细账户。例如，收到某政府部门的科研专项拨款时，需在明细账中单独记录该笔款项的来源、用途及金额，以便后续跟踪管理。
三、账务处理步骤
形成长期资产：若项目完工后形成固定资产等长期资产，需分两步处理：
冲减专项应付款并确认资本公积：借记“专项应付款”，贷记“资本公积——资本溢价”；
结转在建工程成本：借记“固定资产”等科目，贷记“在建工程”。
未形成长期资产：对需核销的支出（如项目废弃或未达预期），借记“专项应付款”，贷记“在建工程”等科目。
四、期末余额处理“专项应付款”科目期末贷方余额反映企业尚未转销的专项应付款金额，需在资产负债表中单独列示，以体现企业对专项资金的未使用义务。
