《狼灾记》有两条不同时代背景下的剧情线：
第一条剧情线设定在两千多年前的汉王朝时期：当时汉王朝为抗击外族入侵，派兵镇守边陲。将军张安良率部活捉了外族的王子，企图借人质来诱敌。部下陆沈康生性善良，抗拒血腥屠杀，还养了一只幼狼作为陪伴。在一场激战后，张安良负伤离队，命令陆沈康统帅三军。由于大雪封山，陆沈康的军队只能在卡雷村安营扎寨。在帐中，他意外发现了一个异族女子，两人发生争执，陆沈康一时失控强奸了她，并将其秘密留在帐中。随着时间推移，两人通过接触慢慢产生了感情。女子向陆沈康讲述了一个人变成狼的传说：公狼与母狼交配时，如果被人偷窥到，它们会一直追逐偷窥者，直到其死亡。这个传说为后续的剧情发展埋下了悬念，暗示着陆沈康和女子可能会因为某种原因而变成狼，或者面临与狼相关的危险。
第二条剧情线则发生在中国秦代：在长城以北的草原上，戍边的秦军在一次和当地部落的战役中，捕获了一个女子。秦军统帅与这个女子做了七夜夫妻，结果两人都变成了狼。这一情节与第一条剧情线中的传说相呼应，进一步强化了影片中“人变狼”的主题，同时也为观众提供了另一种视角下的故事发展，使得整个影片的叙事更加丰富和多元。
