土耳其语与维吾尔语在基本语法结构上有着相似之处，两者之间存在大量同源词汇，然而，它们之间仍存在着显著的区别。从词汇角度看，两者在大小不一的差别上有所不同，无法达到直接互译的程度，也不是方言级别的差异。在突厥语族的分类中，维吾尔语与土耳其语属于不同的语支。土耳其语与阿塞拜疆语、尕尕乌孜语、土库曼语以及撒拉语较为接近，而维吾尔语则与乌兹别克语较为接近，同属一组。土耳其语与维吾尔语都是晚分化出来的语言，与各自亲属语言间的相似之处较多，相互理解程度大致可以达到一般水平，但自身之间的理解则无法实现。若想具体体验两者的差异，可以参考突厥学家萨莫伊洛维奇提出的六个词作为突厥语分类的标准。维吾尔语与土耳其语在这些词语（维语用ULY拉丁转写）上存在对应规律。例如，“九”在维吾尔语中为“toqquz”，土耳其语为“dokuz”；“脚”在维吾尔语中为“ayagh”，土耳其语为“ayak”；“是，成为”在维吾尔语中为“bol”，土耳其语为“ol”；“山”在维吾尔语中为“tagh”，土耳其语为“dağ”；“黄”在维吾尔语中为“sëriq”，土耳其语为“sarı”；“留下的”在维吾尔语中为“qalghan”，土耳其语为“kalan”。在这些词语中，维吾尔语的“k”在土耳其语中经常转化为“g”，“t”在土耳其语中变为“d”，“m”在土耳其语中变为“b”，“ng”在土耳其语中常是“n”。在语法层面，维吾尔语与土耳其语中黏着在词后附加成分的差异更为明显。尽管在静词的格上可能还能够辨识出一些规律，但在副动词等更高级的语法现象中，两种语言几乎找不到共同之处，彼此看起来都显得非常陌生。
