一年前，施世纶的两位妻子丽舒、香蓉及子女遭遇船只事故而离世。这事件改变了他的生活观，他决定过上悠闲生活，并带着母亲赵月娥、元配庞葛爱及二太贾秀玉到仙游县游玩，期间与新的枕仙结缘，还找到了生命中的两位妻子吴君柔及陆小蝶！
施公、君柔夫妇间的明争暗斗
君柔本是镇上的知名灵媒，但实际上她只是利用骗财救大哥吴军瑜，而吴军瑜因杀人被判死刑。施公刚到仙游县时，误会君柔是离奇剑鱼杀人案的疑凶，差点使她遭受杀头之罪。君柔利用施公对自己的内疚和怜悯，加上赵月娥急于为施公续弦，君柔便设法嫁入施家，希望借施公之手为大哥翻案。然而，大婚当日，君柔发现施公竟是当年幕后判决大哥死刑的人！这使她决定作为「卧底妻子」向施公报复，企图使其失去官职、令施家家道中落！施公逐渐意识到一切风波皆因君柔而起，最终得知她嫁入施家是为报复，但他坚持自己没有错判。施公又在赵月娥安排下娶了另一妻子小蝶，两人因此变成冤家，展开明争暗斗！
小蝶、英俊的不解之缘
丁美人最初以女扮男装身份出现，化名为陆小凤。小蝶与英俊恢复女性身份后，化名陆小蝶，她是丁仁川将军的女儿，曾与皇爷的八贝子苏完瓜尔锦春指腹为婚，但锦春逃婚使小蝶自尊受损，她誓要找到锦春并彻底报复。小蝶来到仙游镇时，请求君柔查找锦春的下落，发现锦春易名苏英俊成为施公旗下的捕快。于是，小蝶隐瞒自己的身份，成为施公的助手，展开一系列报复行动。当小蝶热烈追求英俊，令他爱上自己时，君柔与施公及其家人的关系变得非常恶劣。赵月娥为儿子寻找新的妻子以继承香灯，小蝶答应嫁给施公，但在嫁入的一刻，小蝶发现自己真的喜欢英俊，不知如何是好。英俊得知一切皆是小蝶的复仇计划，深感打击，更不幸被犯人利用。
枕仙身世之谜
施公最终发现吴军瑜是被人故意嫁祸而使他误判，成功帮助吴军瑜翻案，洗雪冤屈。尽管施公和君柔有机会和解，君柔却发现自己和施公的两位妻子及多名子女之死与自己有莫大的关系！施公在仙游镇无意中重获新的梦枕，而新的枕仙原来对生前的事情一无所知，也因为生前犯了一个重大错误而被罚困在梦枕内，但只属于半个仙，需协助施公破案后才能正式升仙。施公追查枕仙身世的同时，发现船只事故是由人为纵火所致，与枕仙的死有关，而纵火者可能正是君柔！君柔也以为自己是导致施公妻儿死亡的人，因此内疚地离开施家。众人以为君柔畏罪潜逃时，施公发现事情与郡主穆奇德燕娴和郡马萨嘛喇阿齐有关。正当施公打算进一步调查，向枕仙询问线索时，枕仙却失踪了！为了帮助施公寻找枕仙，小蝶冒险入梦，终于找到枕仙，揭露船只事故的真相及枕仙避开施公的原因。小蝶要求枕仙向施公说明真相，但自己却被困在梦境中无法离开！
世纶最终发现所有与君柔无关，想要去找她时，却发现她已被郡主逮捕，即将被处决！世纶能否救回君柔？小蝶和英俊这对错配的情侣能否最终成为眷属？故事中包括了各种案件：剑鱼刺身、猛鬼打劫、密室杀人、替死一族、真禽二兽和抛锚特区。这些案件涉及了错判、复仇、灵异事件及家族纷争，展现了施公、君柔、小蝶、英俊及枕仙之间的复杂关系和情感纠葛。
《施公奇案Ⅱ》（英文：A Pillow Case of Mystery II），香港电视广播有限公司（TVB）清装剧集。本剧是 《施公奇案》续集。监制林志华。
