2002年01月，任中共云南省委副秘书长、省委政策研究室主任，
2003年03月，任中共云南省玉溪市委书记。
2006年09月，当选玉溪市委书记。在2006年9月9日召开的中国共产党玉溪市第三届委员会第一次全体会议上，孔祥庚同志当选为中共玉溪市委书记。
2011年9月21日，中国共产党玉溪市第四届委员会第一次全体会议选举孔祥庚为市委书记。
2012年12月14日上午，市委召开全市领导干部大会，省委常委、省委组织部部长刘维佳宣布省委关于玉溪市委主要领导同志职务调整的决定：张祖林任中共玉溪市委委员、常委、书记；孔祥庚免去中共玉溪市委书记、常委、委员职务，另有任用。
2013年省人大民族委主任委员、省委第六督导组组长
