一开始就是圣诞节美国纽约的曼哈顿被一大堆从地底下钻出来的大触手（被称之为巴别塔）袭击了，死了一大堆人，很惨很惨。FBI下属有个CTI组织，其实在此之前就在和一种叫扭曲者的生物作战，而且不知为什么（我也不知道）阿雅同学借助CTI的仪器有了可以精神穿越时空的能力（叫overdrive，阿雅的精神可以附着到哪怕是过去的人身上，这就是许多人一头雾水的原因），借着穿越不断改变历史，CTI就是从事这个任务的，他们不担心现在死多少人，只要找到原因，让阿雅同学穿越回去解决掉，回来之后事情就跟没发生过一样。在游戏中接任务买武器旁边的电脑中有大量的文档，而且在不同的章节里，文档标题相同但内容却不一样，都用红字标示了，就好比可怜的FBI局长大人，第一章挂了，第二章活了，第三章又挂了，再比如原来的什么什么作战，本来文档上有记载是失败全灭的，阿雅同学一掺和，作战成功了，只挂了几个人等等等，全是阿雅同学的杰作，要想看懂剧情这个必须看！可惜是日文的。但阿雅因为失忆的缘故也通篇纠结于一个长得和她一模一样的小女孩（玩过2的应该知道是谁）。前三章都是发生圣诞节之前的，第四章、第五章在之后，终章居然回到了2010年。具体的可以看一下http://bbs.duowan.com/thread-18355219-1-1.html把时间轴翻译后，很多东西就明白了。
