TV版：001 云霄飞车杀人事件013 奇怪的寻亲杀人事件054 电玩公司杀人事件118 浪花连续杀人事件128 黑暗组织10亿元抢劫事件129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件176 ~178 与黑暗组织的再会230 ~231 迷一样的乘客272 急忙掩饰的忽略(后篇)286 ~288 工藤新一纽约事件289 ~290 307 ~308 没有声音的证词309~311 与黑暗组织接触338~339 四辆保时捷340~341 厕所隐藏的秘密345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲）387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（尾奏曲） 394 奇妙房屋的大冒险（封印篇）425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间 427~428 充满神秘的上学之路462 ~465 黑衣组织的影子484~485 黑色照片的行踪491~504 红与黑的碰撞509 红白黄色与侦探团510 柯南VS W暗号之谜511 推理对决！新一VS冲矢昴 542~543 让鱼儿消失的一角岩563~564 侦探团VS强盗团578 召唤危机的红色凶兆 579 黑与13的暗示580 逼近黑色时刻581 红色飘摇的目标漫画版：01/01 001 现代的福尔摩斯 01/02 002 变成小孩子的名侦探 02/04 014 行踪不明的男子 02/05 015 可怜的少女 02/06 016 追踪高大的男人02/07 017 恶魔一样的主谋 12/04 114 突如其来的遭遇 12/05 115 炸弹的下落 12/06 116 柯南失算了 18/06 176 转学生 18/07 177 黑衣女郎 8/08 178 秘密组织成员·代号雪莉 18/09 179 伪装的少女 18/10 180 将死 19/01 181 为什么？19/09 189 被狙击的球！ 19/10 190 5万6千名人质 20/01 191 远方之眼 24/07 238 背叛的街角 24/08 239 漆黑的丧葬行列 24/09 240 不告而别24/10 241 来自过去的子弹24/11 242 白色世界29/03 287 看不见的恐怖29/04 288 危险讯号29/05 289 光天化日下的埋34/11 350~35/04 354 金苹果37/05 377 ~37/07 379 黑暗的足迹37/08 380 白雪…黑影…37/09 381 危险的相遇37/10 382 顺风车38/01 383 新兵器！41/10 423 到访者留下的谜 41/11 424 小小密室的秘密 42/01 425 隐藏的真相 42/05 429 月圆之夜和黑宴42/06 430 染血的幽灵船 42/07 431 隐形人出现42/08 432 工藤新一登场42/09 433 面具下的真相42/10 434 腐坏的苹果46/07 475 封印48/09 499 门铃怪客48/10 500 新的黑衣组织成员49/01 501 追踪目标！49/02 502 新的指令！49/03 503 ~49/04 504 黑衣组织vsFBI53/07 550 目击者一人 53/08 551 钉子与蛇 53/09 552 锤子的真面目53/10 553 不可思议的兼职54/01 554 晚餐的菜单54/02 555 梦中之星FILE.595 乌鸦之歌FILE.596 第二条线FILE.597 假患者VOL.58 FILE.598 跟踪，然后…… FILE.599 赤井的过去FILE.600 孤注一掷FILE.601 伪装FILE.602 最终手段FILE.603 任务FILE.604 姐弟FILE.605 意外的嫌疑人FILE.606 13日又是星期五FILE.607 卡迈尔的过去FILE.608 魔法的咒语VOL.59 FILE.609 钢楔File.622 红白黄色File.623 黑白人File.624 新邻居File.635 燃烧File.637 噼里啪啦File.638 纸飞机File.639 信息File.640 解救File.664 一角岩 File.665 鲭鱼?鲤鱼?鲷鱼?鲆鱼File.666 杀气File.680 与危险的二人同行File.691 柯南VS侦探团File.700 危险地带File.701 赤与13的暗示File.702 炸弹犯的目的File.703 暴风雪中的真相File.704 寂静的战争剧场版：2001 剧场版5：通往天国的倒计时（天国へのカウントダウン）2009 剧场版13：漆黑的追迹者（漆黒の追迹者）真人版：2.工藤新一的复活 黑暗组织的对决
