“阿里女员工被侵害案”不以强奸罪立案的主要原因是：没有证据证明有强奸犯罪事实发生。
首先，公安机关在立案前会进行初步侦察，这一过程包括对当事人陈述、相关人员的询问以及调取监控等证据的综合分析，以确定案件是否属于刑事案件范畴。在“阿里女员工被侵害案”中，公安机关经过侦察，结合现有证据，认为犯罪嫌疑人符合强制猥亵罪的构成要件，因此以涉嫌强制猥亵罪立案。
其次，强奸罪的立案需要满足一定的证据要求。能够有效证明强奸罪的直接证据主要包括受害人在医院的人身检查结果，如是否存在精液、毛发等生物证据，以及能够直接拍摄到犯罪嫌疑人实施强奸行为的视频证据。然而，在“阿里女员工被侵害案”中，这些关键证据并未得到公布或确认。没有精液、毛发等生物证据，也没有直接的监控视频证据能够证明强奸行为的发生。因此，在缺乏直接证据的情况下，公安机关无法直接以强奸罪立案。
此外，值得注意的是，公安机关在立案时并非一成不变，而是会根据后续证据的补充和完善来调整立案罪名。如果后续证据能够证明犯罪嫌疑人实施了强奸行为，公安机关可以依法以强奸罪提交检察院批捕。因此，在“阿里女员工被侵害案”中，虽然目前以涉嫌强制猥亵罪立案，但并不意味着最终不会以强奸罪追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
最后，对于此类案件，律师提醒受害人在怀疑自己被侵犯时，应有意识地搜集和保留证据。这包括不要立即清洗身体，以保留可能存在的生物证据；如果指甲里有抓挠痕迹，可能留存有犯罪嫌疑人的皮肤组织或毛发；同时，现场可能存在的纸巾、避孕套等物品也可能成为重要证据。这些证据的搜集和保留对于后续案件的侦破和定罪量刑具有重要意义。
综上所述，“阿里女员工被侵害案”不以强奸罪立案的主要原因是缺乏直接证据证明强奸犯罪事实的发生。公安机关在立案时会根据现有证据和法律规定进行判断和决策，并随着后续证据的补充和完善进行调整。同时，律师也提醒受害人在遇到类似情况时应有意识地搜集和保留证据。
