《沉默的荣耀》共39集，以下是关键剧情脉络：
1 - 4集为“潜伏序幕”：1949年8月福州解放前夕，中共潜伏者吴石本计划促成国民党第38师起义，却接到蒋介石任命赴台任职。他不顾好友劝阻，携家人赴台继续潜伏。到台后交通员张灏身份暴露自杀，吴石与大陆联系中断。
5 - 15集是“情报交锋”：一方面，谷正文多次设局试探吴石，吴石利用办公室监听传递假信息，用配枪震慑谷正文，还通过菜单传递“调查余骁男”的指令。另一方面，朱枫赴台接替交通员，与吴石合作传递重要情报。聂曦初期被黎晴误导，后协助吴石识破内鬼刘慷福。
16 - 25集为“危机升级”：谷正文硬闯吴公馆搜查无果，派余骁男夜探书房，反被吴石利用暴露罪行。吴石冒险赴港与万光景接头，朱枫在酒会上完成情报交接。期间林风死因揭晓，东海小组因叛徒泄密面临暴露风险，周至柔对吴石的怀疑加深。
26 - 39集是“牺牲与荣光”：1950年2月，吴石、朱枫等因叛徒出卖被捕。吴石狱中留下绝笔诗，同年6月10日在台北马场町就义。他们送出的舟山群岛兵力部署图助力解放军解放舟山。王碧奎脱险，子女幸存；聂曦认清黎晴真面目，见证阿美牺牲。
