《太阳的后裔》分集剧情如下：
第1集： 大尉柳时镇与上士徐大荣路遇小偷并出手相助，后来到海星医院治疗小偷时手机被偷。 徐大荣因与尹明珠门不当户不对决定分手，但明珠不愿放弃。 柳时镇解开姜暮烟误会，并表明军人身份，二人一见钟情。
第2集： 姜暮烟与柳时镇的第一次约会因柳时镇临时有事取消。 姜暮烟目睹柳时镇坐直升机离开，并对其身份产生好奇。 柳时镇完成任务后得知将驻守乌鲁克8个月，约姜暮烟见面。姜暮烟因得罪理事长被派往乌鲁克志愿服务，在机场见到柳时镇。
第3集： 姜暮烟在机场遇到柳时镇，二人关系尴尬，柳时镇开玩笑缓和气氛。 柳时镇与徐大荣协助处理车祸，意外抓捕走私者，但警方与走私团伙勾结。 尹明珠申请前往乌鲁克，阿拉伯联盟议长停留乌鲁克医疗中心，保镖拒绝韩国医生手术。
第4集： 柳时镇询问姜暮烟是否能救活议长，姜暮烟认为可以。 韩国军方决定惩罚柳时镇，取消其升少校资格。 姜暮烟为柳时镇向上级理论，与阻止她的柳时镇发生争吵。
第5集： 柳时镇与姜暮烟接吻后尴尬。 海星医疗队来到乌鲁克电力公司进行体检。 阿古斯要挟陈所长送钻石，柳时镇为医疗队配备对讲机，后柳时镇回国。
第6集： 姜暮烟拒绝柳时镇的感情，时镇不告而别，姜暮烟失落。 柳时镇回国难忘姜暮烟，医疗队志愿服务结束准备回国。 姜暮烟等人在前往机场的路途中感受到灾难下人类的脆弱，全力拯救生命。
第7集： 陈所长阻挠柳时镇的营救，但柳时镇还是救了他。 徐大荣与尹明珠重逢，姜暮烟发现柳时镇的伤口并为其清理。
第8集： 姜暮烟替死去的高班长转达遗言，柳时镇安慰她。 阿古斯给陈所长下最后通牒，陈所长要求挖废墟拿资料，多名医生护士决定留下。 丹尼尔医生修好音响，用音乐治愈大家。
第9集： 姜暮烟的录音遗言意外放出，姜暮烟尴尬并对柳时镇工作心存芥蒂。 姜暮烟与柳时镇外出误入地雷区，明珠父亲来到乌鲁克，柳时镇拒绝其好意。 柳时镇与姜暮烟发现贩卖战争遗孤的村子，阿古斯意外中枪，姜暮烟救治他。
第10集： 姜暮烟救治阿古斯，阿古斯离开村子。 陈所长尝试回韩国被发现，柳时镇决定营救。 陈所长在医疗中心病重，姜暮烟与尹明珠发现其感染M3型病毒。
第11集： 尹明珠被传染M3型病毒被隔离，徐大荣也被隔离。 医疗队宋医生发烧，所有人进行感染检测，宋医生研究M3救治方法。 医疗中心停电，陈所长呼吸困难抽搐，柳时镇决定营救。
第12集： 明珠身体痊愈，徐大荣发现柳时镇独自行动并前去相助。 明珠父亲与青瓦台外交负责人争吵，总统及时赶到认可明珠父亲。 柳时镇与徐大荣团队合作营救姜暮烟，医疗队即将离开乌鲁克。 姜暮烟决定接受柳时镇的感情，尹明珠与徐大荣感情明朗，医疗队全员回国。
第13集： 姜暮烟辞职自立门户失败，重回海星医院急诊部门。 柳时镇、徐大荣、尹明珠相继回国，柳时镇与姜暮烟感情更进一步。 徐大荣为尹明珠愿意转业，但明珠不希望他牺牲，二人激烈争吵后分手。
第14集： 海星医院送来枪伤患者，其中一名是柳时镇。 柳时镇在执行任务时与恐怖分子中枪，救治中一度休克。 恐怖分子醒来挟持护士逃脱，被柳时镇制服。姜暮烟发现其身上芯片，曾是柳时镇战友提安。 柳时镇瞒着姜暮烟帮助提安，姜暮烟发现后生气，后二人重归于好。
第15集： 柳时镇出院后派出国执行任务3个月，明珠父亲不强制徐大荣转业。 柳时镇与姜暮烟温馨告别，徐大荣与尹明珠未重归于好。 徐大荣与柳时镇执行任务中弹，作战场地爆炸，二人宣告死亡但尸体未找到。 姜暮烟与尹明珠接到通知崩溃，九个月后姜暮烟成为海星医院厉害医生，难以忘记伤痛。 尹明珠再次派往乌鲁克驻守，姜暮烟参与阿尔巴尼亚志愿活动，在沙漠中决定向柳时镇告别时，呼叫机传来柳时镇声音。
第16集： 柳时镇与徐大荣被民兵队关押数月后被提安所救，众人高兴。 柳时镇休假陪伴姜暮烟，女子组合来军队表演引起姜暮烟与尹明珠嫉妒。 尹明珠完成乌鲁克工作回国与徐大荣和好如初，并见父亲，得到认可。 河护士与宋医生表达感情，姜暮烟与柳时镇意识到为和平努力，重回乌鲁克海滩表达感情。 丹尼尔医生寄来婚帖，医疗队与柳时镇、徐大荣等人前往温哥华参加婚宴。
