统建楼和农民房在法律性质上均属于小产权房，无本质区别，但在建设主体、规模、合同形式、补偿标准适用性及投资自住选择倾向上有差异。具体如下：
统建楼：从法律性质来讲，和其他形式的小产权房是一样的，都是没有房产证的，统称小产权。例如深圳村委统建楼，即便规模较大且购房合同有村委盖章，本质上仍是小产权房。
农民房：同样属于小产权房范畴，没有国家颁发的房产证，在法律层面与统建楼性质相同。
建设主体与规模
统建楼：一般是由村委组织建设，规模通常比较大。像深圳的一些村委统建楼，在建设过程中有一定的规划和组织，形成较大规模的居住区域。
农民房：多由村民自行建设，规模相对较小且较为分散。村民根据自身需求和土地情况，在宅基地上建造房屋，布局上缺乏统一规划。
购房合同形式
统建楼：购房合同上有村委的盖章，这使得部分购房者认为其看起来比企业开发的小产权房和村民自建的小产权房更加靠谱。但实际上，这种盖章并不能改变其小产权房的法律属性。
农民房：购房合同一般是村民与购房者双方签订，没有村委盖章这一环节，合同形式相对简单。
拆迁补偿标准适用性
统建楼：拆迁补偿标准和其他形式的深圳小产权房一样，并不会因为是村委统建楼而得到更多的补偿。例如2017年3月，深圳市规划国土委发布的《深圳市房屋征收补偿基准价格》，按照地段的不同，对深圳小产权房拆迁补偿的价格进行指导性规范，宝安沙井街道不管是沙井统建楼还是其他沙井小产权房，统一补偿价格都是14800元/㎡；南山白石洲旧改，除单层本地村民祖屋补偿比例高达1：3.5外，统建楼和其他小产权房补偿比例都是1：1。
农民房：同样遵循上述按地段确定的补偿标准，与统建楼在补偿方面没有特殊差异。
统建楼：如果是自住并且有较强的经济实力，深圳村委统建楼无疑是更好的选择。因为很多村委统建楼在建设质量、配套设施等方面完全不亚于一般的商品房，并且价格只有同等地段商品房的三分之一，有更高的性价比。
农民房：如果是纯粹投资的话，农民房等其他形式的小产权房是更优选择。不管是将来拆迁补偿还是租金收益，和统建楼一样能得到相应回报，且在投资成本上可能相对较低。
