主板、创业板、中小板、新三板在资本市场层次、挂牌成本、挂牌条件及监管组织等方面存在明显区别，具体如下：
多层次资本市场是为适应实体经济不同层次需求而形成的市场体系，能满足不同投资人和融资人的特点，通过差异化制度安排实现风险多层次管理。新三板与主板、中小板、创业板最大的区别在于处于资本市场的不同层次，新三板代表整个资本市场的最底部。主板市场是资本市场中最重要的组成部分，很大程度上能够反映经济发展状况，有“国民经济晴雨表”之称，主要为大型、成熟企业提供融资和交易平台，对企业的规模、盈利能力等要求较高。中小板是主板市场的一个组成部分，主要服务于中型稳定发展、但规模较主板小的企业，在上市条件、监管要求等方面与主板相似，但规模门槛相对较低。创业板是为暂时无法在主板上市的创业型企业、中小企业和高科技产业企业等提供融资途径和成长空间的证券交易市场，重点支持具有自主创新能力的企业，对企业的盈利要求相对主板和中小板较低，但更注重企业的成长性和创新能力。
企业申请在不同板块挂牌转让的费用差异较大。与主板、中小板及创业板相比，企业申请在新三板挂牌转让的费用要低得多。目前，企业在新三板挂牌费用一般在100万 - 150万元左右，且在新三板市场挂牌后在股转公司的运作成本每年不到3万元。而主板、中小板和创业板的挂牌成本相对较高，包括保荐费用、律师费用、审计费用等，这些费用会因企业的规模、复杂程度以及市场情况等因素而有所不同，但总体上远高于新三板的挂牌成本。较高的挂牌成本对于一些规模较小、资金相对紧张的企业来说，可能会构成较大的负担，而新三板较低的成本则使得更多中小企业有机会进入资本市场。
主板：对企业规模、盈利能力、财务状况等方面有严格要求。例如，要求企业最近3个会计年度净利润均为正数且累计超过人民币3000万元，最近3个会计年度经营活动产生的现金流量净额累计超过人民币5000万元或者最近3个会计年度营业收入累计超过人民币3亿元等。
中小板：挂牌条件与主板相似，但规模门槛相对较低，不过同样对企业的盈利能力、财务指标等有较高要求，以确保企业具有一定的稳定性和抗风险能力。
创业板：更注重企业的成长性和创新能力，对盈利要求相对较低。例如，企业最近两年连续盈利，最近两年净利润累计不少于1000万元；或者最近一年盈利，最近一年营业收入不少于5000万元等。同时，要求企业具有较高的科技含量和创新能力，符合国家战略性新兴产业发展方向。
新三板：挂牌条件相对较为宽松，对企业的盈利、规模等要求较低，更注重企业的规范运作和信息披露。例如，企业需依法设立且存续满两年，业务明确，具有持续经营能力，公司治理机制健全，合法规范经营等。这使得一些处于成长初期、尚未达到主板、中小板和创业板上市条件的企业有机会在新三板挂牌融资。
主板和中小板：由中国证监会和证券交易所进行严格监管。证券交易所负责制定上市规则、交易规则等，对上市公司的信息披露、规范运作等方面进行日常监管；中国证监会则从宏观层面进行监管，维护市场秩序，保护投资者合法权益。
创业板：同样接受中国证监会和证券交易所的监管，但由于其服务对象的特点，在监管上更加强调对企业的创新性和成长性的关注，以及对信息披露的及时性和准确性的要求，以防范高成长带来的高风险。
新三板：由全国中小企业股份转让系统有限责任公司负责监管，实行自律监管模式。全国股转公司制定了一系列业务规则和监管制度，对挂牌企业的信息披露、公司治理、交易行为等方面进行监管，同时加强对主办券商等市场参与主体的管理，以保障市场的公平、公正、公开。
