《特工任务》总共有38集，剧情如下所示：
1-10集：津海市国安局接到线报，一名叫杜涛的嫌疑人将携带重要涉密文件出境。情报人员吴熙立即部署行动，成功将其拦截，不料，却并未在杜涛身上搜出任何涉密文件，狡猾的他还佯装晕倒，趁机逃窜。
小巷内，神秘的黑衣人突然出现，枪指杜涛，逼他交出文件，杜涛以为他是间谍组织派来的杀手，连忙交代文件所藏之处。
11-20集：此时在夜雾眼中，黄子诚已经彻底被他们拉下水了，成为间谍组织的一枚棋子。此事结束后，黄子诚对姚瑶的身份生疑，在他的逼问之下，姚瑶终于承认二人的相识就是夜雾的计划，但自己在这个过程中对黄子诚产生了感情，才义无反顾地回来帮他。
黄子诚无法接受姚瑶的欺骗，愤然离开。国安局一边寻找韩杰的下落，一边调查小月岛酒店监控安装事件。
21-30集：黄子诚虽然拿到机密，却不想将真正的机密交给夜雾，于是向夜雾提交了改动后的数据，心惊胆战等待审核结果。
黄子诚回到办公室，得知近期研究院的网络不止一次出现故障，这让黄子诚警觉起来，如果他可以用这样的办法窃取文件，那名隐藏的间谍是否也曾用类似方法窃密。于是黄子诚决定沿着这个方向继续调查。
30-38集：黄子诚放心不下姚瑶，一直在暗中跟踪保护着她。周哲一发现黄子诚在跟踪，命令姚瑶杀掉黄子诚，万般无奈下姚瑶只能对着黄子诚开了枪。
最终，姚瑶带着研究样本顺利回归夜雾，在余先生眼中，姚瑶成为了一名坚定的夜雾间谍。另一边，隐藏在研究所的间谍“边博士”已经暴露，被国安缉拿归案。
剧集评价
《特工任务》为“特工”故事解锁了全新场景，注入了贴近二十一世纪社会发展和年轻人日常生活的叙事表达。
戏剧化的背景铺垫出诸多悬念，该剧也因其对现代社会中的网络安全问题的审视而备受关注。在场景设计上，剧中没有飞车、爆破、摩天大楼上的攀爬，而是贴地飞行，在都市生活中架构迷局。
在主线设置上，剧集从一场看似普通的网络游戏引向一场国家安全之战，在现实世界与虚拟世界交错并行中抽丝剥茧。该剧的视角跳出了国外同类商业片的传统设定，生活质感和虚实交互成为其两大亮点。
