《女法医 JD》讲述的是患有 HSP高敏症的女法医 JD 宋安妍（蔡卓妍饰）一边协助警方侦破案件，一边为父翻案，更与神秘女子林小美（钟欣潼饰）纠缠上，在热血探员刘志明帮助下，找出了20年前连环凶杀案的真凶。
结局中，JD助林小美脱罪后，却被带回CCS总部的遗址。就在那里，JD见到宋立宏安睡在一副棺木内，大急上前，靠近一看，却发现他那本应埋藏在糖果池下的身躯竟消失不见了。林小美奸计得逞，最终告知JD。
当年被自己的生父苖康正贱卖到CCS时，曾与一名女童逃走，却因追兵赶至，唯有牺牲自己先让女童离去，自己则留在基地等她寻救兵来。可是女童出卖了自己，一去便是二十年，而那女童，正是宋安妍。
原来林小美早已在苖康正那被缝合的尸块当中，混合了宋立宏的肢体。也就是说JD在不知情下，已经解剖了生父，她更因要替林小美脱罪，亲手摧毁了证物，使她一辈子都还不了宋立宏公道，而这，才是林小美复仇计划的全相 。
《女法医 JD》这部剧也是主线＋穿珠子的叙事方式，主线是宋安妍探寻父亲旧案的真相，这条主线上一个个诡异案件像一个个珠子一样穿起来。
有趣的是，这部剧也像很多探案剧一样，刻画了一个有身体疾病却拥有极高敏感度的大脑的女主角，看点是“天才破案”，解开悬案谜题。
