in the bottom of与at the bottom of的区别为：
意思不同、用法不同、侧重点不同。
一、意思不同：
1、in the bottom of：在…的底部。
2、at the bottom of：是…的根源。
二、用法不同：
1、in the bottom of：
bottom的基本意思是“底部”“基部”“下端”“末尾”，多指物体的最下的部分，只用作单数可数名词，引申可指“(东西的)底”，“尽头”“末端”“根源”“起因”“最无关紧要的部分”等。
2、at the bottom of：bottom作“臀部”“屁股”解时，常用于口语或非正式文体中，是可数名词。表示“在底部”通常用介词at，指小容器的“底部”时也可用in，当底部是一个宽广的平面时则可用on。
三、侧重点不同：
1、in the bottom of：
物体本身的底部（如杯子内侧的底部）。
2、at the bottom of：
底端（如在每一页的底部）。
例句分析：
1、I found nothing in the bottom of my bag.
我在我袋子的底部什么都没找到。
分析： 指在整个底部搜寻，结果无所获。
2、A tall tree stands at the bottom of the hill.山脚下有一颗很高的树。
分析：树是在山脚的某一点。
in与at的区别：
1、in表示时间，用于泛指一天的上午、下午、晚上等；用于某个较长的时间，如年、月、季节等。
如：in the morning／afternoon／evening在上（下午）或晚上，in 2003在2003年，in the day／daytime在白天。
in还可以表示“从现在起一段时间以后”。
例如：
They will see you in a week．他们将在一周后去看你。
另外，in和at都可以表示时间，但in表示较长的时间，而at表示时间的某一点。
例如：
He got up late in the morning and had a meal at noon．
他早上起得晚，所以只吃午餐。
2、in表示地点、场所，译为“在......里”、“在......中”。
如：in the factory 在工厂，in the room 在房间里，in the sun 在阳光下，in the middle of...在......的中央 。
in和at都可表示地点，而in表示的地点比at所表示的地点大。
3、in表示用语言，用......材料。译为“用，以.......方式”。
如：in English用英语，in ink用墨水 。
4、in表示穿戴的状态，译为“戴着、穿着”。
如：in the white shirt穿着白色的衬衫，in the cap戴着帽子。
