温州市瓯海区卫生局设有多个职能科室，包括：
1. 办公室（规划财务科）：主要负责制定卫生事业发展规划，指导区域卫生规划编制，卫生资源配置标准制定，公立医院经济运行机制改革，卫生事业经费预、决算管理，以及医疗器械采购、招投标等工作。该科室还对卫生系统的财务、基建、节能减排和国有资产进行监管，进行审计监督，管理统计与综合效益评估，并负责药品和卫生耗材集中采购的日常监督。
2. 政工科：主要负责卫生系统的党建工作，制定人才发展规划，管理人事分配改革，负责机关及直属单位的机构设置、人事、培训、考核等工作，参与卫生行业职称评审和外事活动，以及离退休人员管理和对口支援工作。
3. 医政科（中医科）：负责社区卫生和农村卫生的监管，推进基层卫生体制改革，指导基层卫生服务体系和标准化建设，参与公立医院管理，负责医疗质量管理，执业医师资格考试和医师考核，处理医政投诉，推广中医药事业，指导城乡社区卫生服务和医学教育等工作。
4. 疾控监督与行政审批科（食品安全综合协调科、公共卫生应急处理办公室）：负责疾病预防控制、妇幼保健、卫生监督和公共卫生应急管理，制定重大疾病防治计划，监督传染病防治、职业卫生等，负责食品安全部门的协调工作，制定应急处理预案，进行食品安全监测和应急救援。
