木偶戏之神秘玩具谷的故事核心情节如下：
小镇背景与失踪事件：小镇最近频繁发生人员失踪事件，引发恐慌。一个男孩失踪后，在宾馆发现了与失踪事件相关的便笺线索，于是人们请来了侦探进行调查。
木偶戏剧场的往事：多年前，一个外乡人在镇上开设了木偶戏剧场，深受欢迎。然而，剧场后来发生火灾，据传所有人都死于火灾。但火灾后，附近区域常有哀嚎和哭泣声，且失踪事件频发。
侦探的调查与发现：侦探在调查过程中，发现剧场后面隐藏着一个院子，里面住着当年剧场的主人及其女儿。剧场主人并未在火灾中丧生，但他的女儿腿部残疾且左半边脸毁容。
剧院主人的秘密实验：为了女儿能重新开心起来，剧场主人对女儿言听计从，并开始进行灵魂移植的疯狂实验。他们诱拐活人作为实验品，试图将人的灵魂移植到木偶身上。实验失败的人都被残忍处理。
侦探的危机与逃脱：侦探在调查过程中发现了剧场主人的秘密，但被毁容的女孩发现并将侦探打晕，关进笼子成为待试验品。侦探醒来后成功逃脱牢笼，并解救了被诱拐的小男孩。
剧院主人的结局与女孩的逃脱：在侦探解救小男孩的过程中，剧院主人因实验意外死亡。而毁容的女孩则坐着船从地下湖逃脱，留下侦探继续追寻她的下落。
