神舟十三号与神舟十二号任务的不同点主要体现在以下方面：
交会对接与停靠方式神舟十三号载人飞船采用自主快速交会对接技术，并首次实施径向停靠空间站（即垂直于空间站轨道平面的方向对接），而神舟十二号为前向对接。径向停靠对飞船姿态控制、轨道调整精度要求更高，技术难度显著增加。
空间站组合体构型神舟十三号任务期间，中国空间站将实现核心舱+2艘货运飞船+1艘载人飞船共4个飞行器组合运行，形成更复杂的空间结构。而神舟十二号任务时空间站为“核心舱+1艘货运飞船+1艘载人飞船”的3器组合。多飞行器协同运行对空间站姿态控制、能源分配、通信链路管理提出更高要求。
航天员在轨驻留时间神舟十三号航天员乘组将首次实现在轨驻留6个月，较神舟十二号的3个月翻倍。长期驻留需解决太空微重力环境对人体的影响（如肌肉萎缩、骨密度下降）、物资循环利用效率、心理适应等问题，对生命保障系统和航天员健康管理提出严峻挑战。
乘组构成与出舱任务神舟十三号乘组包含中国首位进驻空间站的女航天员王亚平，且她将成为中国首位出舱女航天员。任务中还将实现中国首次男女航天员联合出舱，验证不同性别航天员在太空环境中的协作能力与装备适配性。神舟十二号乘组则无女航天员参与出舱。
科学实验与技术试验神舟十三号在神舟十二号基础上，进一步拓展空间科学实验与技术试验的深度与广度，涵盖微重力流体物理、空间材料科学、空间生命科学、航天新技术等领域，预期产出更高水平科学成果。例如，可能开展更长期的细胞培养实验或新型材料空间合成研究。
发射流程优化神舟十三号任务中，执行任务的飞船和火箭均从发射场应急待命的备份状态直接转为发射状态，缩短了发射准备周期，提高了任务响应速度。这一调整对地面测试流程、设备状态监控、应急预案的完善性提出更高标准。
