《晶码战士》大结局存在不同版本描述，以下为详细介绍：
在这一版本中，光明与黑暗迎来了最后的激烈碰撞。四位高级晶码兽合体成为神君圣兽，与裂天巫兽展开了一场惊心动魄的交手。起初，神君圣兽凭借强大的力量一度击溃了裂天巫兽，然而剧情出现了反转。裂天巫兽不知使用了何种手段，使得神君圣兽再次被控制。失去了神君圣兽的助力，主角团在这场战斗中落败。而反派煞星则趁机野心膨胀，企图毁灭地球，进而建立统治宇宙的国度，地球陷入了前所未有的危机之中。
此版本里，煞星大帝吸干了四大护法的力量，精心炼制出了极污之核。同时，它还利用宇宙大十字架的神秘力量，妄图称霸整个宇宙。地球也因此面临着巨大的危机。主角团的四只晶码兽高级进化后合体成为神君圣兽，准备与反派展开最终对决。但由于反方拥有外挂以及宇宙大十字架力量的加持，裂天巫兽的实力得到了极大的增强。神君圣兽刚登场放出技能后，就被裂天巫兽狂虐。在这千钧一发之际，亚奇不顾自身安危，毅然挡在了神君圣兽身前，试图唤醒狸面蛇魔兽的意识，以扭转战局。
还有一种版本中，正义最终战胜了邪恶。晶码战士团队齐心协力，将反派煞星围困在了B25行星的核心区域。神君圣兽发动了终极技能圣光净化，彻底消灭了煞星的黑暗能量体。随着煞星的覆灭，其麾下的魔兽军团也土崩瓦解，地球的危机得以解除。不过，央视播出的版本在第130集以悲壮的场景收尾，并没有展示最终决战的具体内容，给观众留下了无尽的遐想。
