《最初的相遇，最后的别离》大结局槽点明显，主要体现在以下四个方面：
季晓鸥前期独立善良，但后期对毒贩湛羽无条件信任，甚至希望隐瞒其身份，行为不合逻辑。例如，她亲自劝说湛羽吸毒成瘾的父亲，一个软硬不吃的惯犯居然听了她的话。
在与严谨的感情中，季晓鸥矛盾重重。经历过生死时刻后，仅因一张照片就怀疑严谨，与其之前声称的“心大”和“相信严谨”完全不符。
最令人不满的是季晓鸥送人头的情节：方妮娅发现老冯家浴室有很多钱后，季晓鸥孤身一人来到老冯家，被老冯发现后非要带走钱，还和冯卫星争夺分尸的刀，差点送命。原本方妮娅已是人证，季晓鸥自己也看到了分尸的刀和湛羽的手机，完全可以早点离开，却非要留下，此时女主勇敢正义的人设变成了无脑冲动。
冯卫星在剧的前半段是一个善良的单亲爸爸，像哥哥一样照顾着季晓鸥，对方妮娅也很好。但后来人设一百八十度大转变，对季晓鸥露出痴汉表情，对方妮娅不冷不热。
故事前半段对冯卫星杀人的事几乎没有伏笔，如果不是因为他喜欢季晓鸥的举动，观众很难想到是他。
剧最终渲染冯卫星作为父亲的伟大，引导观众怜悯，却对他杀人、赌博、分尸、陷害别人等行为一带而过，让观众怀疑是否真的是冯卫星杀的人。
杜淳在剧中的角色赵廷辉不仅在这部剧中不讨喜，其不明由来的执著也让不少观众弃剧。与优秀的反派刘伟相比，赵廷辉这个角色显得有些无脑。
作为一个警察，赵廷辉带着感情去看案件，带着有色眼镜去看人，为了早早结案草草提交资料，阻碍辩护律师拿案件资料，还一心一意破坏前女友领证。
《最初的相遇最后的别离》共40集，与最近扎堆的其他悬疑剧相比集数较多，但内容并不与之相匹配。一开始的双镜头大多重复，案件并不复杂，双镜头的作用仿佛是为了解释严谨不是个坏人。
到了最后剧情越来越拖沓，太多的剧情都用在了方妮娅、冯卫星、季晓鸥的相处上，主要剧情都是一笔带过。例如，赵廷辉只是听说冯卫星右肩受伤，就抛弃之前十分坚定地怀疑严谨，转而怀疑冯卫星；季晓鸥因为冯卫星说这里没有监控就开始怀疑他，而之前冯卫星也和季晓鸥来过小区、来过严谨家，心大又对自己身边人圣母的季晓鸥，居然只因为这一句话就怀疑了冯卫星。
