《抗日奇侠》存在两种版本大结局，《抗日奇侠第二部军刺》也有独立大结局，具体如下：
游击队员对杉木队伍展开伏击，杉木察觉后回防油库。王牧风等人成功将土肥原引入油库，随即引发一场激烈恶战，土肥原躲在暗处指挥战斗。杉木匆忙赶回油库时，童可心接好的炸药引线不慎掉落。关键时刻，宋无娇及时赶来增援，帮助众人暂时摆脱困境。然而，宋无娇却被土肥原偷袭，她带伤解决了土肥原后，终因寡不敌众壮烈牺牲。王牧风成功打死杉木，随后众人撤出油库。逃出敌人包围后，他们按动了引爆器，完成了此次任务。
杜大鹏、铁柱和王牧风等人，为了给小童争取爆破时间，纷纷选择牺牲自己。王牧风毫不犹豫地用身体挡住敌人的枪口，展现出无畏的勇气。宋无娇则以自己的身体作为导线，成功起爆炸弹。在爆炸产生的强大冲击波中，宋无娇和廖天生被炸飞，但两人最终走到了一起。众位奇侠在战斗中死战到底，毫不退缩，用生命捍卫了正义与尊严。
黄鸣峰与女鬼子杉木同归于尽。在成功拿到血清并治好苏楚乔的病后，黄鸣峰再次接到上级紧急任务。原来，杉木私自藏匿了一批27号病毒，企图运往前线迫害八路军战士，奇侠突击队必须不惜一切代价破坏这批病毒。在追击途中，奇侠们遭遇杉木的埋伏，云空大师不幸中弹身亡，卡车失控坠入山崖，奇侠们纷纷跳车保命。杉木纯子以为奇侠们已全部丧生而放松警惕。黄鸣峰抓住她轻敌的心理，率领突击队出其不意地发起攻击，先炸毁两辆卡车，清除了部分小兵。随后，剩下的杉木和板原正雄、木村三个武功高手由奇侠们合力对付，逐个击破。最终，黄鸣峰一人单挑杉木纯子，两人同归于尽，为这场战斗画上了悲壮的句号。
