医生曾琦结过婚，但后来离婚了，目前是单亲妈妈。曾琦曾有过一段婚姻，她的丈夫姓王，也是湖南人，在湘雅医院担任眼科医生，比她年长好几岁。两人因同事关系发展为恋人，婚后育有一个女儿。由于曾琦事业心强，业务能力突出，在工作中甚至盖过了丈夫的风头，导致两人之间产生较大感情裂痕。最终这段婚姻没能维持下去，以离婚收场。此后，曾琦独自抚养女儿，一直以单亲妈妈的身份生活，并将大量精力投入医疗工作，业务上十分拼命，深受同事认可。她在湖南省人民医院担任眼科一病区主任，是博士、主任医师、副教授，还带硕士生，业内被称为“眼科女王”。不过在2025年11月，她因被曝出与副院长祖雄兵存在婚外不正当关系，被湖南省卫健委通报“生活作风问题情况基本属实”，随后被暂停职务，接受调查。此事也让她的个人生活再次成为公众关注的焦点。
