南京市绿化园林局下属科室包括：办公室（财务处）、政策法规处（科技处）、规划建设处、城市绿化管理处、公园管理处（自然保护地管理处）。
办公室（财务处）：该科室主要负责南京市绿化园林局的日常行政事务管理，包括文件处理、会议组织、档案管理等，并承担财务管理职责，确保绿化园林工作的资金运作合理高效。
政策法规处（科技处）：该科室负责制定和实施绿化园林相关的政策法规，保障绿化园林工作的合法性和规范性。同时，还负责科技管理工作，推动绿化园林技术的研发和应用。
规划建设处：该科室负责南京市绿化园林的规划和建设工作，包括制定绿化园林规划方案、指导绿化园林工程建设等，确保绿化园林工作与城市发展相协调。
城市绿化管理处：该科室主要负责城市绿化的日常管理工作，包括绿化植物的养护、病虫害防治、绿化设施的维护等，提升城市绿化水平。
公园管理处（自然保护地管理处）：该科室负责公园和自然保护地的管理工作，包括公园设施维护、游客服务、自然保护等，确保公园和自然保护地的正常运行和生态保护。
此外，南京市绿化园林局还有下属机构，如南京市园林和林业科学研究院（南京市园林绿化指导站）、南京市园林工程指导中心（南京市园林工程安全质量监督站）、南京市林业站（南京市森林植物检疫站、南京市森林防火监测预警和物资储备中心）、南京长江江豚省级自然保护区管理站等，这些机构在绿化园林工作中发挥着重要作用。
