1938年的中国，日军步步紧逼，江南小镇的吴府却依然在高墙之内维持着富贵安逸的生活。吴家的女主人吴太太（罗燕饰），以其才情和修养，掌管着吴府的繁杂事务，是镇上人眼中的典范。
然而，在吴太太四十岁寿宴的紧张时刻，她的朋友康太太（何爱米饰）危在旦夕，吴太太在安德鲁（Willem Dafoe饰）的西医救助下救回了康太太，但这种西方医疗方式却让小镇居民感到惊恐。寿宴上，吴太太出人意料地宣布要为丈夫（石修饰）纳妾，她解释说是为了丈夫的幸福，这背后的真相令人猜测。
秋明（丁艺饰），一个乡下孤女，被吴太太买进府中，她的纯真吸引了少爷凤慕（赵耀翰饰）。凤慕对秋明的遭遇心生怜悯，决定保护她。吴太太为了凤慕的未来，邀请安德鲁担任他的家庭教师，两人的互动中，吴太太被安德鲁的真诚和学识所吸引。
火灾中，吴太太的勇敢和深情暴露无遗，她不顾危险救出安德鲁和孤儿们，他们的感情由此萌芽。然而，传教士身份的安德鲁和有夫之妇的吴太太，他们的爱情面临道德与现实的挑战。同时，凤慕与父亲小妾秋明的情感纠葛，以及日军侵袭下的小镇命运，都在《庭院里的女人》中展现出波澜壮阔的剧情。
在日军的铁蹄下，主角们将如何面对生死考验，他们的命运将如何转折？吴府的平静是否会保持，他们的爱情将如何发展？一切答案，都在这部影片中逐一揭晓。
