蒙自水芹具有健胃消积、清热利尿、消肿解毒的功效，可治疗慢性胃炎、食积胃痛、白浊、淋痛、跌打肿痛、血虚风毒等疾病。具体如下：
健胃消积蒙自水芹归胃、脾经，其辛甘之味可促进脾胃运化功能。针对慢性胃炎、食积胃痛等病症，可通过煎汤内服（10-20g）或捣汁饮用，帮助消化积滞、缓解胃脘胀痛。现代药理研究推测，其挥发油成分可能刺激胃液分泌，增强胃肠蠕动。
清热利尿性平且归膀胱经的特性，使其擅长化解下焦湿热。对于白浊（小便浑浊如米泔）、淋痛（小便涩痛）等湿热蕴结膀胱的病症，可通过利尿作用促进湿热排出。双悬果中的油管结构可能含有利尿活性成分，辅助改善泌尿系统症状。
消肿解毒外用时，煎汤熏洗或捣敷患处可发挥局部作用。针对跌打肿痛，其辛散之性可促进血行、消散瘀肿；对于血虚风毒引发的皮肤问题（如湿疹、疥疮），通过解毒作用减轻炎症反应。动物实验显示，其提取物对金黄色葡萄球菌等病原菌有抑制效果。
其他作用蒙自水芹全草含挥发油、黄酮类、生物碱等成分，这些物质可能通过抗氧化、抗炎等机制协同发挥疗效。例如，黄酮类化合物可清除自由基，生物碱可能调节免疫功能，共同辅助治疗相关病症。
