在《轩辕剑外传：苍之涛》结局中，桓远之因国家大义失去理智，误杀了感情深厚的车芸。战败的慕容诗被重伤的七曜使者解救，并继承了车芸的记忆（车芸曾告知他们一个是自己，一个是自己1000年后的转世）。之后播放动画，展现1000年后的战争世界，慕容诗对着已后悔不已的桓远之微笑，此时桓远之感受到车芸那最美的微笑。
游戏设定在一个充满历史与神话色彩的世界，涉及多个时代的人物与势力。主要人物有来自南北朝时期晋国的桓远之，他企图改变晋国败于秦国的历史；车芸是为了复活爷爷的器官而行动的当代少女，精通木甲之术；慕容诗出自五代的前秦（后与后秦合并）；七曜使者是五代人，目的是封太乙之轮以让天下太平；泰臣宫的九龙子是战国时期晋国的“法师军”，为保晋国不败而存在。
游戏以著名的淝水之战拉开序幕，这是南北朝时期晋秦的决战。戴面具的女人正是慕容诗，她在这场历史大事件中有着自己的使命与行动。
车芸：晋国太辰宫领兵灭国，车芸想救国却失败被俘。在太辰宫，第四龙桓远之早年曾被车芸所救，他发现车芸被捕后将其释放。被释放的车芸又看到必胜诗句，此时她无家可归，便与桓远之结伴同行。
桓远之：他怀着改变晋国历史的强烈愿望，在太乙殿试图通过刻字改变历史走向，却因种种原因误杀了车芸，最终陷入无尽的悔恨之中。
慕容诗：她有着复杂的身世与使命，回到过去在太乙轮上刻字试图改变历史，战败后被七曜使者解救并继承车芸记忆，见证了千年后的世界与桓远之的悔恨。
七曜使者：来自五代的他们，为了封太乙之轮让天下太平而行动。在不同历史时空的交织中，他们的行为影响着历史的走向，最终因桓远之改变历史的行为而消失。
存在三个平行的时空。一是桓远之用五岳阵使晋克秦，以水为代价取得胜利后想回到过去改变历史；二是慕容诗回到过去在太乙轮上写秦克晋，此段历史不能长久，七曜使者从这个时代走来，这个结果导致第一个历史消失；三是七曜使者帮助晋，晋获胜后一群人去了天书世界（游戏中命名为桃花源）。最后桓远之误杀车芸，这个结果导致第二个历史消失，七曜使者也随之消失。
桓远之的误杀行为不仅改变了众多人物的命运，也让整个历史走向发生了巨大变化。慕容诗继承车芸记忆后，带着对历史的感悟与对未来的期许，见证了千年后的世界。而桓远之则永远沉浸在悔恨之中，这一悲剧结局深刻地反映了民族主义带来的悲剧色彩，也让玩家对历史、命运、人性等主题有了更深刻的思考。
