《有罪之身》中船厂爆炸案是刘志军和侯军为报复马德荣并谋取利益而共谋制造的。具体原因和过程如下：
刘志军和侯军长期处于马德荣的压迫之下，遭受了极大的羞辱。以侯军为例，他曾被马德荣逼迫当众撕碎并吞食合同，这种行为不仅是对他人格的严重践踏，更给其心理造成了难以磨灭的创伤。长期积累的怨恨和屈辱，使得他们对马德荣产生了强烈的报复心理，渴望通过某种极端行为来发泄内心的愤怒，让马德荣也付出沉重的代价。
除了报复，谋取利益也是他们策划爆炸案的重要动机。马德荣在商业领域拥有一定的资产和地位，刘志军和侯军企图通过制造混乱和危机，打乱马德荣的商业布局，进而从中获取不正当的利益。他们或许认为，船厂爆炸这样重大的事件能够引发一系列连锁反应，为自己创造可乘之机，实现财富的转移或占有。
侯军还制定了更为阴险的绑架计划，他企图绑架马德荣的孙女珊珊，以此逼迫马德荣再次入狱。一旦马德荣入狱，其商业帝国可能会陷入混乱，资产也更容易被转移和操控。船厂爆炸案与绑架计划相互配合，形成了一个完整的犯罪链条，旨在从多个方面对马德荣进行打击，达到他们不可告人的目的。
综上所述，刘志军和侯军出于报复和谋取利益的双重目的，精心策划并实施了船厂爆炸案，这一案件不仅造成了严重的人员伤亡和财产损失，也揭示了人性在欲望和仇恨驱使下的扭曲与堕落。
