【菜鸟博士】GNPS Molecular Networking分子网络概况：
1. 分子网络的基本概念： 分子网络是通过串联质谱实验可视化化学空间的一种方法。 它能够检测到来自相关分子的光谱集合，即使这些光谱与已知化合物不匹配。
2. GNPS分子网络的可视化： 节点与连接：GNPS将每个光谱视为一个节点，并通过边缘或连接将它们对齐，从而可视化分子网络。 节点信息：节点可以包含诸如去重复匹配、产物来源、生化活性或疏水性等元数据，这些信息通过节点的大小或颜色来表示。 全局地图：这种方法创建了一个相关分子的全局地图。
3. 数据输入准备： 文件格式：输入数据包括mzXML、mzML或mgf格式的质谱文件。 元数据：提供额外的分析信息。
4. 运行分子网络： 创建网络：在GNPS主页面点击“Create Molecular Network”，并提供一个描述性标题以便后续检索。 选择文件：可以选择上传自己的文件或导入公共数据集，并可创建最多六个默认组进行分类。 提交与分析：选择文件后提交以创建网络，并在状态页面监控进度，使用GNPS进行初步分析。 结果探索：通过可视化、预设和高级视图探索结果，可以使用GNPS的Web界面进行分析和MS2光谱查看。
5. 高级视图与引用： 高级视图：包括全局数据集匹配、第三方可视化和实验视图。 引用：GNPS分析的引用是Mingxun Wang等人的文章“Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking”，发表于Nature Biotechnology 34.8 。
6. 其他工具与软件： ìli可视化：可以下载Meshlab软件创建2D或3D模型坐标，并与数据文件一起上传至GNPS进行分析和特征映射。 ìli的3D分子制图方法：可用于数据探索和可视化。
以上即为GNPS Molecular Networking分子网络的概况介绍。
